1.从培养目标上看：在专业上，临床医学要求掌握现代医学基础理论、基本知识和基本技能，并能运用所学知识和技能防治多发病、常见病、掌握疑难重症的诊断治疗原则等，比较侧重临床的实际应用；而基础医学要求具备自然科学、生命科学和医学科学基本理论知识和实验技能，侧重与基础性的科研。
2.课程设置也有所不同：根据专业的不同，每个学校都有自己设置的一套必修课和选修课，临床医学专业的偏重于临床应用方面的；基础医学偏重于基本原理、实验技能方面的。但也不是绝对的，毕竟，两者关系密切，没有明确的界限。
范畴：
临床医学专业主要包括：临床外科（普外、骨科、脑外、泌外、整形、心胸外……）、临床内科（心内、消化、神内、肾内、血液、内分泌……）、临床专科（麻醉、妇儿、五官、皮肤、肿瘤、急诊、老年病……）等。
基础医学专业主要包括：解剖、病理、免疫、微生物、药理等

相关阅读：
医学科研型与临床技能型硕士研究生培养工作流程