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1.词语（主题)检索 在PubMed主页的提问框中键入英文单词或短语（大写或小写均可后回车或点击“Go”， PubMed即使用其词汇自动转换功能进行检索，并将检索结果直接显示在主页下方。例如：键入“vitamin c common cold”后回车或点击“Go”， PubMed开始检索并将检索结果显示出来。 如果检索结果不符合要求，可以在提问框中增加或删除词语，或者在Details状态下（参见Details键的用法)来修改检索式，也可使用“Limits”（参见Limits的用法)选择限定条件后再进行检索。此外，用户可根据需要使用通配符“*”或双引号进行截词检索或强制检索。
2.著者检索 在提问框中键入著者姓氏全称和名字的首字母缩写，格式为：著者姓空格名字首字母缩写，例如smith ja，然后回车或点击Go，系统会自动到著者字段去检索，并显示检索结果。 如果在录入了著者的姓氏，系统将首先在MeSH转换表中查找该著者的姓论.文.客.服.QQ，81995535。查到后，系统检索主题字段和题名与文摘字段，否则，系统将在全部字段中检索。 如果在著者姓名前后使用双引号，并用著者字段标识——[au]加以限定，如“smith ja”[au]，那么系统只检索著者字段。
3.刊名检索 在提问框中键入刊名全称或MEDLINE形式的简称、ISSN号，例如：molecular biology of the cell, 或mol biol cell, 或1059-1524，然后回车或点击Go,系统将在刊名字段检索，并显示检索结果。如果刊名与MeSH词表中的词相同，例如：Gene Therapy、Science或Cell等，PubMed将把这些词作为MeSH词检索。在这种情况下，需要用刊名字段标识——[ta]加以限定，如“gene therapy[ ta ]”。 单个词的刊名也需要用[ ta ]限定，如：Scanning[ ta ]。否则，系统将在全部字段中检索。使用刊名全称或MEDLINE简称可检索到数据库中的全部相关记录。使用ISSN号进行检索，则不能保证检到数据库中较早的记录。 若刊名有括号，录入时应将括号省略。如：J Hand Surg[ Am ]应键入 J Hand Surg Am。
4.布尔逻辑检索 PubMed系统允许使用布尔逻辑检索，但要在提问框中键入布尔逻辑运算符（AND，OR或NOT)。如：vitamin c OR zinc。
布尔逻辑检索的运算顺序为从左至右，但可使用圆括号来改变其运算顺序。如common cold AND (vitamin c OR zinc), 圆括号中的检索式最先运算。
布尔逻辑检索允许在检索词后附加字段标识以限定检索字段（字段标识要用方括号括起来，位于检索词这后)。其检索表达式的格式为：检索词[字段标识]布尔运算符检索词[字段标识]。如：dna[ mh ] AND crick [au ] AND 1993 [ dp ]论.文.客.服.QQ，81995535; 又如：ansthma/therapy[ mh ] AND review[ pt ] AND child, preschool[ mh ]。各种字段标识见表1。
表1 字段标识一览表 字段标识 字段名称 简要说明
AD Affiliation 第一责任者的工作单位、地址，合同号
ALL All Fields 全字段
AU Author Name 著者姓名
RN EC/RN Number 酶学委员会分配给特定酶的编号和化学文献社的登记号
EDAT Entrez Date 录入PubMed系统数据库的日期
FILTER Filter 由PubMed系统链接的外部资源站点所使用的用来限
定文献的技术标识
IP Issue 期刊的期号
TA Journal Title 期刊名称或IISN号
