公开(公告)号
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CN101016564A
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公开(公告)日
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2007.08.15
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申请(专利)号
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CN200610125372.2
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申请日期
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2006.12.08
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专利名称
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一种检测线粒体糖尿病的45个基因位点微阵列芯片
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主分类号
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C12Q1/68(2006.01)I
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分类号
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C12Q1/68(2006.01)I;C12N15/11(2006.01)I
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分案原申请号
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优先权
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申请(专利权)人
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武汉大学
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发明(设计)人
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刘松梅;周 新;李 霞;郑 芳;涂建成;汤冬玲;曲喜英;田艳丽;蔡春林
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地址
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430072湖北省武汉市武昌珞珈山
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颁证日
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国际申请
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进入国家日期
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专利代理机构
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武汉宇晨专利事务所
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代理人
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王敏锋
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国省代码
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湖北;42
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主权项
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一种检测线粒体糖尿病45个基因位点微阵列芯片,它包括下列步骤: A、以醛基玻片为载体; B、设计引物和探针:首先从MITOMAP、mtSNP、mtDB、PubMed、中国期刊网和重庆维普数据库中检索与糖尿病的线粒体基因/mtDNA突变位点;其次以线粒体基因剑桥碱基序列/GenBank#J01415.0 gi:337188为序列;第三是采用Primer Premier 5.0和NCBI BLAST软件,针对mtDNA 45个突变位点,设计特异性扩增目的DNA序列引物;特异性野生型和突变型寡核苷酸探针,退火温度为56.7℃~62℃,其5′端或3′端加载长臂15T后修饰氨基基团; C、芯片点阵布控:微阵列芯片为324个样点组成的18行×18列的矩阵,包括监控系统和检测系统,监控系统为:①芯片阴性对照,为探针稀释液,pH 8.0,1×TE Buffer,布控在有公共野生型探针的位点处,点样矩阵中,mtDNA 3200,3205与3206位点公用1条野生型探针,在mtDNA 3200和3205位点的突变型探针点样处下方,点印阴性对照;②芯片阳性对照,为mtDNA 3243和5178两个位点的4条探针按1∶1∶1∶1比例混合的5μM溶液,布控在微阵列芯片的左边3列,共54个阳性对照样点;③芯片平行对照,为各位点的5μM探针溶液平行点印3个点,在矩阵中mtDNA 1888位点的野生型探针和突变型探针各点印3个样点,共6个样点检测1个基因位点;检测系统由mtDNA 45个位点的野生型和突变型寡核苷酸探针布控的样点组成;每条探针采用pH8.0的1×TE Buffer稀释为5μM溶液,并点印3个平行点,共6个样点检测1个基因位点,45个基因位点从左到右顺序排列; D、监控系统与检测系统的点阵布控:监控系统与检测系统的点阵布控在同一区域,采用Packard芯片点样仪点印于醛基玻片上;室温保湿固定48~72小时,4℃冰箱保存备用; 所述的特异性野生型和突变型寡核苷酸探针: 所述的目的DNA序列引物: 引物 编号 序列,5′→3′ 扩增范围 产物长度 |
7 F:TCCAAAGACAACCATCATTCC R:GATTGATGAAAAGGCGGTTGA 14470-14944 475bp |
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摘要
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本发明公开了一种检测线粒体糖尿病的45个基因位点微阵列芯片。其步骤是以醛基玻片为载体,其次是引物和探针设计,第三是芯片点阵布控,最后是监控系统与检测系统的点阵布控。监控系统由碱基突变位点的阴性对照、阳性对照和平行对照组成;检测系统为待检的mtDNA 45个位点的野生型和突变型探针。每芯片含1~3个0.04cm2的点样矩阵、每个矩阵90条探针、324个样点。实验操作流程简单,省时,成本低,仅需1次不对称PCR扩增和Cy5标记、1次杂交反应,即可检测1~3份不同标本的mtDNA 45个位点。适用于糖尿病患者和高危人群的检测,有助于临床特殊类型糖尿病的正确诊断和分类,早发现病人,早预防,早治疗。
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国际公布
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