原上海第二医科大学与上海交通大学于2005年7月正式合并之后，原上海第二医科大学研究生院现已正式更名为上海交通大学研究生院医学院分院，全面负责学校医学研究生的培养、教育和管理工作。
医学院于1955年开始培养研究生，是国内较早招收医学研究生的院校之一。 1978年恢复研究生培养制度以后，经过二十多年的努力，医学研究生的教育得到了迅速的发展和长足的进步，办学规模不断扩大，迄今已为国家培养和输送了4000多名医学博士生和医学硕士生，已成为在国内具有重要影响的医药卫生高层次人才培养的重要基地之一。
在学位授权点方面，医学院现拥有基础医学、生物医学工程、临床医学、口腔医学、生物学等5个一级学科博士学位授权点，51个二级学科博士学位授权点，二级学科硕士学位授权点48个，一级学科博士后流动站4个。根据学科发展需要，学校可以依法自主决定招生、培养和授予学位；在师资队伍方面，现有博士生指导教师322名，硕士生指导教师570名。其中包括了一批颇具实力、在学术领域具有相当知名度的顶尖科学家和学科领军人物。有两院院士12名，国家“973项目”首席科学家4名，长江学者特聘教授4名，长江学者讲座教授1名；在研究生教学、培养基地方面，现拥有14个学院、12所医院，22个研究所。在学科建设方面，拥有国家教育部重点学科6个，上海市重点学科11个，上海市医学重点学科9个。国家重点实验室2个，教育部重点实验室2个，卫生部重点实验室5个，上海市重点实验室13个。世界卫生组织（WHO)合作中心3个，上海市级研究所21个。
为了适应我国社会主义经济建设和文化发展的需要，研究生分院目前正围绕创建世界一流医学院的目标，坚持突出“质量”与“创新”两大主题，继续深化改革, 注意吸收先进经验，力争在学科建设、学位点数量、培养规模、培养质量、导师队伍、管理体制等方面跨上新台阶，使学位与研究生教育达到国内同类大学的前列水平，并成为在国内具有引领作用以及重要影响的医学学位与研究生教育基地。
全称：上海交通大学研究生院医学院分院
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