中医临床基础硕士学位点是2003年新增硕士点。本学科师资力量雄厚，拥有一批国内著名的中医学家，现有教授6人，副教授11人，讲师3人，其中硕士8人，在读博士生3人。几十年来，学科组辛勤耕耘，代代相传，取得了丰硕成果，确立中医临床基础学科的核心是中医辨证论治理论体系及其具体运用，“立足临床，继承创新”为培养硕士生的指导思想。
主要研究方向：①仲景病证结合诊治规律及其临床运用研究。其特色在于借助临床及文献、实验等手段和方法，全面系统整理和客观标准地揭示仲景确立的病证结合诊治体系涉及的多层次内容所涵盖的基本规律。②《伤寒论》、《金匮要略》治则治法及方药配伍规律的研究；③《伤寒论》、《金匮要略》温病学原著的文献学及学术思想研究；④经方治疗疑难病症机理研究；⑤外感病辨证体系及诊治规律的研究。
本学科在安徽省和国内都具有显著的特色和优势，近五年内，共发表论文264篇，获省部级奖4项，出版《伤寒论通俗讲义》、《金匮要略讲义》、《温病学讲义》、《内经通俗讲义》、《中医外感病学》及《金匮要略临床新解》等专著70余部。目前承担各科研项目共21项，科研经费达30万。
