皖南医学院心理学系的前身是于2001年7月组建的皖南医学院医学二系（该系设应用心理学心理卫生方向、医学影像学两个本科专业和临床医学血防方向、医学美容技术两个专科专业)。2005年12月因系部调整、医学二系撤消后其他专业归口到相关系部，应用心理学专业单独建系为心理学系。
该系目前设五年制应用心理学专业1个，正在申报五年制精神医学专业1个；前两届心理卫生专业毕业生计76人分别于2004年6月和2005年6月毕业，说明我院该专业毕业生为华东地区首届，在国内亦是开设该专业较早的院校之一；目前该专业在校学生尚有五届计242人。预计在“十一五”期间两个专业在校学生数将达600人左右。
该系目前有神经生物学、应用心理学两个硕士点，另外生理学硕士点亦隶属该系；在校研究生数32人,首届研究生已于2005年6月毕业。“十一五”期间将另争取申报生物物理、精神病学及精神卫生学、基础心理学三个硕士点，计划每年招收硕士生20人左右。该系目前设心理学教研室1个，计划在“十一” 期间设生理学与神经生物学，基础心理学、精神医学等四个教研室。该系目前设心理与行为研究中心、细胞电生理研究室两个研究机构；计划在“十一五”期间设心理与行为、神经科学两个研究所，并分别下设若干研究室。
该系目前有专职教师10人，兼职教师3人，其中正高级职称及博士学位占20%；副高职称占20%；硕士学位占70%，中级及以下职称占60%；本科及以下学位占10%；管理人员3人。计划在“十一五”期间，专职教师达20-25人，其中正高20-30%，副高30-40%，管理人员5-7人。
该系目前已担任主编专业教材2人计7部；参编专业教材5人计10部；新近全国高等医药教材研究会和卫生部教材办公室已决定由刘新民教授担任卫生部18门专业教材的主编人之一，另有参编5-6人。近些年，该系已获得省及国家级获奖项目8项；省级以上刊物发表论文已30余篇。刘新民教授、汪萌芽教授在同行中知名度较高。
该系专业实习基地起点高，技术力量雄厚，多数在经济发达地区，如深圳康宁医院、无锡市神卫生中心、常州德安医院、江苏省扬州五台山医院、镇江四院等。在这些医院中，目前设有心理卫生临床学院1家，教学医院12家，这些单位每年均优先录用本系的优秀毕业生，已形成较好的实习录用机制。04年、05年两届心理卫生专业毕业生，就业率都达100%。2005年，该系被评为“皖南医学院就业工作先进单位”，并荣获一等奖。
该系目前系主任为副主任医师方继经同志，系秘书为讲师张建英同志，教研室主任为教授刘新民同志，细胞电生理研究室主任为教授汪萌芽博士。
