福建医科大学创建于1937年，其前身是福建省立医学专科学校。1939年改名为福建省立医学院。1949年改称福建医学院。1969年，与福建中医学院、华侨大学医疗系合并，成立福建医科大学。1982年更名为福建医学院。1996年4月改为现名。
经过近70年的建设发展，学校现已形成学士—硕士—博士人才培养体系和“勤奋、严谨、求实、创新”优良校风，成为一所集教学、科研、医疗、预防和社会服务为一体的省属医科大学。2003年，福建省人民政府确定为重点建设高校。同年以良好的成绩通过了教育部本科教学工作水平评估。
学校现有大学城和交通路2个校区，占地1050亩，校园优美如画，多次被评为福建省党建和思想政治工作先进高校、省文明学校、省“依法治校”示范校、省计划生育先进单位、省卫生先进单位、省绿化模范单位和省级花园式单位等光荣称号。
学校现有16个学院、部，即基础医学院、公共卫生学院、口腔医学院、医学技术与工程学院、药学院、护理学院、人文学院（马列部)、第一临床医学院、第二临床医学院、协和临床医学院、省立临床医学院、福总临床医学院、成人教育学院、职业技术学院、继续教育学院和体育教研部；16个本科专业（方向)，即临床医学（七年制)、临床医学（五年制)、临床医学（眼与视光学专业方向)、预防医学、预防医学（检验检疫专业方向)、口腔医学、医学检验、护理学、麻醉学、医学影像学、药学、药学（临床药学专业方向)、康复治疗学、应用心理学、公共事业管理和社会工作；7个高职专业；博士点22个，硕士点59个、硕士专业学位2个。目前在校研究生、普通本专科生7453人（研究生1264人，七年制本科生490人，普通本科生5532人，高职高专学生167人)，成人教育学生3990人，海峡学院在校生1326人。
学校现有教职医护员工5359人，其中校本部1060名。在587名专任教师中，具有研究生学位占68.14%，高级职称占49.4%。博士生导师41名，硕士生导师425名，国家有突出贡献中青年专家4人，享受国务院特殊津贴专家96人，卫生部有突出贡献中青年专家3人，福建省优秀专家16人，“百千万人才工程”第一、二层次人选3人，第三层次人选49人。吕联煌教授被省委、省政府授予“福建省杰出人民教师”光荣称号。
学校有附属医院(含临床医学院)7所，其中综合性附属医院(含临床医学院)6所，即附属第一医院、附属第二医院、附属协和医院、省立临床医学院（省立医院)、福总临床医学院（南京军区福州总医院)和附属厦门第一医院；附属口腔医院1所。除新建的附属厦门第一医院外，其余综合性医院均为三级甲等医院。实际开放床位7200张，生均1.92张。此外，有临床教学医院23所，形成了比较完善的临床教学与实践教学基地网络。
学校图书馆面积9165平方米，藏书95.2万册，是福建省医学图书中心馆，开通电子书刊阅览室和医学文献检索系统。大学城新校区图书馆规划2万平方米，正在动工兴建之中。
目前，学校有博士后科研流动站1个，国家药品临床研究基地等科研机构55个，福建省重点学科13个，省科技厅优先发展学科8个，学校重点学科8个，省医学重点专科6个，省领先医疗特色专业5个，省教育厅重点实验室3个，承担着大量的科研任务，成果显著，在基础研究和应用研究等一些领域开始走向国内外学术舞台，如学成回国的我校3名教师在美从事科学研究期间，分别以并列第一作者和第二作者在《Science》、《Nature Medicine》和《Nature Neuroscience》杂志上发表了3篇论文。最近，又有一篇学术论文以第一作者署名福建医科大学在《美国科学院院报》（PNAS)上发表。易自翔教授主持的《耳硬化症的临床和基础系列研究》获国家科学技术进步二等奖。学校编辑出版的学术刊物《福建医科大学学报》、《福建医科大学学报（社科版)》、《高血压杂志》和《心血管康复医学杂志》等，面向国内外公开发行。
“十一五”期间，我校将继续坚持走超常规、跨越式的发展之路，建设成为办学规模适度，学科结构合理，办学层次较高，整体实力较强；以普通本科教育为主，加快发展研究生教育和长学制医学教育；以医为主，理、管、法等多学科协调发展的教学研究型省属重点医科大学，成为海峡西岸高级医药卫生人才主要培养基地、医学科学研究中心和医疗预防保健中心，跨入国内省属同类高校的先进行列。
