南京中医药大学第一临床医学院原名南京中医学院中医系，成立于1958年，1984年由原中医系中医临床部分和原西基部西医临床部分重组成新的中医系。1995年更名为南京中医药大学第一临床医学院，2001年将原中医研究院急难症研究室并入，又称为临床医学研究所。
长期以来，在校党政领导的领导下，在全体教职工的共同努力下，学院得到了长足的发展。第一临床医学院现设有中医内科学第一教研室（心、肺、肿瘤)、中医内科学第二教室（肝胆、脾胃)、中医内科学第三教研室（肾、内分泌、风湿)、中医外科学、西医外科学、中医肛肠病学、中医皮肤科学、中医妇科学、男科与生殖医学、中医儿科学、中医骨伤科学、中医眼科学、中医耳鼻喉科学、西医诊断学、影像学、西医内科学、全科医学等17个教研室，另有1个为教学、科研服务的百草堂中医门诊部。
第一临床医学院秉承南中医悠久的人文传统，深邃的学术思想和深厚的文化底蕴，顺应中国经济发展与中、西医发展的潮流，开拓中、西医临床学科全面发展的教育格局。有中医内科学、中医外科学、中医妇科学、中医儿科学、中医骨伤科学、中医五官科学和中西医结合临床7个博士点、7个硕士点，博士、硕士点覆盖所有中医临床二级学科；能接受中医和中西医结合临床各专业方向的博士后科研流动人员。在校博士研究生134名，硕士研究生587名，博士后人员3名。
学院现有中医学七年制（本、硕连读)、中西医临床医学、中医学（临床医学)、中医学（全科医学)、中医学（眼视光学)、中医学（骨伤科学)、中医学（中西医结合生殖医学)、中医学（中西医结合影像学)等专业或专业方向。在校本科和七年制学生1180名，其中中医学七年制275名，中医学（临床医学、全科医学、中西医结合生殖医学、眼视光学)807名，中西医临床医学98名。
第一临床医学院是以中医临床各学科为主的集教学、科研和临床医疗为一体的教学单位。学院师资力量雄厚，队伍结构合理，现有教职工107人，其中教师98人。教授、主任医师、研究员30人，副教授、副主任医师、副研究员34人。35岁以下教师30人，35～45岁30人，46～55岁27人，55岁以上11人。博士33人，硕士39人。学院还建立了一支由附属医院、鼓楼医院、军区总院、南京大学等教授组成的兼职教师队伍。
全院上下开拓进取，严谨治学，唯善唯精，涌现了一批在省内外享有较高声誉的专家，现有享受国务院特殊津贴专家2人；全国名中医2人；江苏省名中医、名中西医结合专家5人；江苏省“333”工程培养对象3人，江苏省“青蓝工程” 学术带头人培养人选3人，江苏省“青蓝工程”优秀青年骨干教师培养人选6人；担任全国和江苏省中医学会、中西医结合学会的主要负责人的教师35人。有全国劳动模范汪受传教授；全国优秀教师潘立群教授等杰出教师代表。博士生导师13名，硕士生导师32名。
学院拥有重点学科3个，其中中医儿科学为国家级重点学科和国家中医药局重点学科建设单位，是目前全国唯一的中医儿科学国家级重点学科；中医内科学为江苏省省级重点学科、江苏省国家重点学科培育点和国家中医药局重点学科建设单位；中医外科学系为南京中医药大学重点学科。中医学专业为江苏省首批品牌专业。中医儿科学为国家精品课程，中医内科学、中医儿科学、中医外科学为江苏省一类优秀课程，中医妇科学、中医耳鼻咽喉科学为江苏省二类优秀课程，医学全在.线网站www.med126.com
中医骨伤科学、西医内科学校级优秀课程。近三年承担教育部、国家中管局教育教学改革课题8项，江苏省教育厅教改课题20项。获教育教学奖25项，部省级4项，厅局级6项。学院教学实验中心（模拟医院)为江苏省高等学校实验室评估验收首批合格单位、江苏省省级示范教学实验中心。
第一临床医学院坚持科研与教学相长的策略，科研总体水平良好，在科技成果转化为现实生产力方面做了较大努力，取得了一定的社会效益和经济效益。全院教师潜心治学，学术氛围浓厚，硕果累累。近三年承担厅、局级以上科研课题83项，其中国家级6项，部、省级15项，课题经费740万元；完成并鉴定或结题验收课题18项；获专利17项；横向课题10项，经费达1293万元；正式出版学术专著近67部；在省级以上杂志公开发表学术论文720篇；获各级科研奖10项，其中中华医学会科学技术奖2项，江苏省科技进步奖6项，南京市科技进步奖2项，科研成果促教学成效显著。
第一临床医学院今后将按“有所为，有所不为”的建设发展方针，凝炼方向，突出重点，优化结构，培育特色，重在创新。确立以育人为中心，教学、科研为主体的工作总目标，保证学院各项事业和谐、健康、可持续发展。建章立制，规范管理；加强师资队伍建设，建立一支数量相当、结构合理、素质优良、相对稳定的教师队伍；围绕培养优质的能够适应市场需求的中医药高级人才，加强专业、教材建设，优化课程设置，改进教学方法，强化实验室及教学辅助设施建设；以重点学科建设为笼头，加强科学研究，提升我院的整体竞争力，促进医、教、研三位一体的协同发展。
