复旦大学外科学学科于1988年、2002年和2007年被评为国家重点学科，1997年列入“211工程”重点建设学科。本学科先后拥有沈克非、黄家驷、石美鑫、吴肇光、熊汝成、史玉泉、李鸿儒、杨东岳等一批享誉全国的著名专家，近年来，以顾玉东、吴肇汉、张元芳、周良辅、王玉琦、秦新裕、王春生、徐建光等为代表的学科带头人承担起学科建设的重任，组成了一支外科学术界具有重要学术影响的学科队伍。
经过多年的探索和积累，目前本学科形成了以下主要研究方向：（1）肿瘤的早期诊断和现代化治疗；（2）微创外科的临床应用、普及与提高；（3）组织与器官移植的研究；（4）干细胞组织工程技术的应用。
本学科拥有一支实力雄厚的学术队伍，在学术队伍中有中华医学会副会长，中华医学会手外科学会主任委员，神经外科、泌尿外科学会、心胸外科学会等副主委，有 45人担任国际和国内重要学术团体负责人及学术期刊的主编、副主编和编委工作，包括《中华手外科杂志》、《中华神经外科杂志》、《中华骨科杂志》、《中华泌尿科杂志》、《中华外科杂志》，有7位专家担任《Microsurgery》、《Clinical Anatomy》等外科国际权威期刊的编委和审稿专家。医学全在.线www.med126.com
十五期间本获省部级及以上奖励34项，其中国家级3项。如2005年“全长膈神经移位与颈7移位治疗臂丛根性撕脱伤” 被评为国家科技进步二等奖。本学科已经初步建成目前亚太地区最大的神经外科医、教、研中心之一。其中朱剑虹教授在《The New England Journal of Medicine》发表论文。吴肇汉教授主编获得全国高等学校医药优秀教材一等奖1项。2001年获得全国百篇优秀博士论文一篇。