北京中医药大学管理学院源于1983年建立的中医药管理干部培训部，1987年改称卫生管理系，2000年扩建为现在的管理学院。
管理学院下设两个系：卫生管理系、工商管理系。卫生管理系下设五个教研室，工商管理系下设五个教研室。现有教职工60人，教授占13%以上、副教授占33%以上，中级职称占25%，其中，拥有博士学位者占33%以上。学院还聘请了许多著名行业专家为兼职教授、兼职硕士研究生导师。
管理学院现有两个北京市重点学科（交叉学科)——中医药管理学、中医人文学；一个北京市哲学社会科学基地——北京中医药文化研究基地；两个校级研究中心——卫生经济与中医药政策研究中心、医疗机构成本测算中心；一个院级研究中心——中医药政策研究中心。
管理学院现有公共事业管理和工商管理两个本科专业，社会医学与卫生事业管理一个硕士学位授予点。现有在校生近千人，其中本科生占88%，研究生占12%。20多年来为国家和社会培养了大量的优秀人才。
管理学院现拥有一支实力雄厚的科研队伍，科研能力和水平逐年提升，承担了大量的科研课题，包括国家“十五”攻关课题、国家“十一五”科技支撑项目、国家自然科学基金课题、国家发展和改革委员会课题、国家计生委课题、国家人力资源和社会保障部课题、国家中医药管理局课题、教育部人文社科基金课题等。研究成果曾获得国家科技进步二等奖，以及教育部、北京市和中华中医药学会等部门颁发的多项奖励。
管理学院在教学、科研和社会服务等各个方面都形成了自身的特色，综合实力在行业院校中名列前茅。
