2002年9月教育部、卫生部两部领导签署了清华大学与中国协和医科大学紧密合作，共建“清华大学北京协和医学院”的协议，中国协和医科大学进入“211”和“985”工程建设项目。此协议在2007年5月的新协议诞生后终止。“清华大学北京协和医学院”的名字为协议文件中的历史产物，从未有正式注册和使用过。
2006年9月，根据清华大学和中国协和医科大学签署的《清华大学和中国协和医科大学关于落实两部协议的实施意见》，中国协和医科大学更名为北京协和医学院（清华大学医学部)，英文名称为Peking Union Medical College, Tsinghua Uninversity。此协议在2007年5月的新协议诞生后终止。“北京协和医学院（清华大学医学部)以及英文名称为Peking Union Medical College, Tsinghua Uninversity”的名字为协议文件中的历史产物，从未有正式注册和使用过。
按照教育部卫生部2007年协议，中国协和医科大学正式更名为“北京协和医学院”；鉴于与清华大学紧密合作办学的需要，同时使用“北京协和医学院—清华大学医学部”的名称。www.med126.com中国协和医科大学与清华大学合作办学，但两校并未合并。“北京协和医学院-清华大学医学部”中的“北京协和医学院”部分来自中国协和医科大学，北京协和医学院-清华大学医学部”中的“清华大学医学部”部分来自清华大学医学院。
北京协和医学院不是清华大学医学部，清华大学医学院最终将成为清华大学医学部，届时北京协和医学院与清华大学医学部作为两个实体进行合作，共同建设“北京协和医学院-清华大学医学部”。
北京协和医学院不属于清华大学，北京协和医学院只有临床专业与清华大学合作，护理专业、附属医院、临床教学基地和其它均属于北京协和医学院。清华大学医学院的药学专业、附属医院、临床教学基地和其它均属于清华大学。
