学院现设13个系、2个研究所及1个医学实验教学中心。拥有“生物学”和“基础医学”2个博士学位授权的一级学科（涵盖12个二级学科)、拥有1个“中西医结合基础”二级学科、7个国家重点二级学科、1个北京市重点一级学科、2个博士后流动站、4个省（部)级重点实验室，拥有一些国际先进水平的科研基地和实验技术平台。
学院以师资力量雄厚、治学严谨著称，拥有一批国内外著名的专家学者。学院现有教职工407人，其中教授69人、副教授75人；具有博士学位者170人，硕士学位者62人。其中中国科学院院士4人；工程院院士1人；“长江计划特聘教授”6人；国家杰出青年基金获得者7人；获得“国务院政府特殊津贴”13人；获“国家人事部有突出贡献的中青年专家”称号4人；获“卫生部有突出贡献的中青年专家”称号5人；教育部跨世纪优秀人才2人；教育部新世纪优秀人才14人；博士生导师61人。
学院现有本科生1118人，学院招收基础医学和医学实验学两个专业的本科学生，并管理临床医学、口腔医学、医学检验学、口腔修复技术四个专业的学生基础学习阶段。从2001年起基础医学专业改为八年制本博连读（Ph.D)学制，旨在培养德智体全面发展的基础医学各学科师资和高层次科学研究人才。医学实验学专业为四年制本科www.med126.com，培养具有生物医学基础理论知识和熟练掌握医学基本实验技能、具有从事高级医学实验技术工作基础的医学实验技术应用型人才。在读研究生601人，其中博士生349人，硕士生252人。近年来有7篇博士生论文被评为全国优秀博士生论文。学院培养的学生以学风严谨，实践综合能力强，开拓创新、潜力大等优点受到国内、外教育和科研部门的赞誉。许多毕业生已成为国内外生物医学学科的学术带头人或学术骨干。
在教学方面，基础医学院承担医学部基础医学、临床医学、口腔医学、预防医学、药学、护理学、医学英语、医学实验学、医学检验学等本、专科专业的基础医学课程教学。每年完成3000余名学生的30余门必修课、10余门选修课的多轨道、多层次教学任务。
