根据国家科教领导小组1998年6月9日原则通过的中国科学院《知识创新工程试点的汇报提纲》，中国科学院决定组建8个研究基地, 其中之一就是
上海生命科学研究院。
上海生命科学研究院是原在上海的中国科学院8个生命科学研究所和2个研究中心的基础上组建而成的。这些研究所和中心是：上海生物化学研究所、上海细胞生物学研究所、上海植物生理研究所、上海药物研究所、上海生理研究所、神经科学研究所、上海昆虫研究所和上海生物工程研究中心，上海生命科学研究中心和国家基因研究中心。这些研究单位共有科学技术和管理人员1900人左右，其中有研究员178人，中国科学院和中国工程院院士26人。
上海生命科学研究院将围绕国家战略目标和国际科技前沿，研究当代生命科学重大前沿课题；发展生物技术、创新药物和现代农业技术研究；培养和造就一批高素质、有创新意识的优秀年轻学科带头人和科研骨干。
上海生命科学研究院的目标是建设成为具有国际先进水平的生命科学研究基地，促进生物技术、创新药物、现代农业技术等高技术产业发展的基地，以及这些学科领域的高级人才训练和培养的基地。
上海生命科学研究院当前工作的重点是根据国家战略目标、国家需要和任务，组织重大研究项目；深入进行基础研究，把生命科学一些重要前沿领域的研究推向国际水平；开拓生物技术、药物创新和现代农业技术研究和开发的新局面; 深化研究所的科研管理体制改革和结构调整。力争在近期内取得若干具有国际影响的重要成果，为我国的知识创新提供科技储备。
上海生命科学研究院将加强上海各生物研究单位的合作、联合与整合，突出学科发展重点，促进各学科的交叉渗透，发挥生命科学与生物技术基础研究与应用开发的综合优势；同时，要深化体制改革和结构调整，建立与国际接轨的科研管理机制和科技成果的转化机制，集中原各单位的行政和后勤管理职能，精干管理队伍，提高科学服务和管理水平，最终形成有利于知识和技术创新的体系。
根据生命科学发展的趋势、我国社会经济发展的需求以及上海生命科学研究的现有基础，上海生命科学研究院将组织和综合各研究所的优势力量，作前瞻性布局，在以下重点领域进行研究：
基因组、蛋白质组与染色体组的研究，包括水稻基因组和人类基因组的研究。要保持水稻基因组研究的良好势头，在人类基因组研究上确定有战略意义的有限目标，取得有特色的成果。要努力使基因组和蛋白质组的研究的成果促进生命科学的全面发展和促进基因资源的开发利用，为农作物的高产优质育种和人类重要疾病的防治作贡献。
生物大分子结构与功能是各种生命现象和生命科学各学科的基础。蛋白质的化学结构和空间结构的阐明及其与生物功能的相互关系的研究将为认识生命的本质、推进生物技术的创新研究与新药的筛选和创制，以及改善疾病的诊断与防治手段等提供重要信息。
细胞发育和凋亡的分子机制，动植物发育的遗传基础与分子基础的研究，不仅属于生命科学的基本问题，而且和农业、畜牧业、医学都有极密切的关系。细胞凋亡机理的研究是近年来生命科学研究的热点之一，更需要大力发展。
神经生物学研究，综合了现代生物学及物理、数学等学科的发展成果，正孕育着巨大的革命性进展。我们将重点研究对认识大脑的奥秘和增进人类健康有重要意义的课题，主要是脑发育和脑功能的分子和细胞机制，也将研究重要的脑疾病如老年性
痴呆和巴金森氏症等的发病机制及其防治。
创新药物的现代理论、应用基础和临床前研究。以防治我国重要疾病的国家需求为目标，以生物活性物质的结构、活性和两者关系为重点，开展合成和天然产物化学、分子和细胞
药理学、毒理学等研究，为实现我国药物研究和医药产业从仿制为主向创新为主的历史性转变作出贡献。
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