这种先天性畸形主要是在怀孕第4周到第10周期间，由于某些致病因素导致胎儿面部发育障碍所致。目前认为可致病因素有：①遗传因素：部分患儿直系或旁系亲属中有类似畸形发生。大约有20%左右唇腭裂患儿可查询出有遗传史。②感染和损伤：怀孕初期（2个月左右)的母亲感染过病毒，如流感、风疹或受过某种损伤可能成为唇腭裂的致病原因。③母体怀孕期间患有如贫血、糠尿病、严重营养障碍等慢性疾病。④怀孕期间服用某些药物：如镇静药、抗癫痫药及激素类药等。⑤怀孕期间母体接受过大剂量X线照射。
因此，唇腭裂的预防关键在于怀孕早期。
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