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流产对原因不明者，近年来研究发现多数与免疫因素密切相关。
（一)组织相容抗原（histocompatibility locus antigen，HLA)：HLA复合体定位于人的第六对染色体短臂的一个区段上，至少包括4个与移植有关的基因位点：HLA-A、B、C、D/DR等。正常妊娠时夫妇HLA不相容，可维持遗传的多样性，防止致死纯合子的产生。而习惯性流产夫妇间HLA抗原相容的频率大于正常妊娠者，其中以DR抗原相同的机会更多。过多的共有抗原，阻止母体对妊娠作为异体抗原的辨认，不能刺激母体产生维持妊娠所需的抗体，缺乏抗体的调节作用。母体免疫系统易对胎儿产生免疫学攻击，而导致流产。
（二)抗磷脂抗体：为一组自身免疫性抗体医.学全.在.线www.med126.com，其中包括狼疮抗凝抗体（LA)及抗心磷脂抗体（acl)。近年来研究发现，在自身免疫性疾病，某些感染、药物，或不明原因的疾患中，如抗磷脂抗体阳性，习惯性流产发生率极高。患者常有动静脉血栓形成，血小板减少，考虑致流产的原因是由于血栓形成，引起蜕膜或胎盘功能不足。抗磷脂抗体不是作用于妊娠早期导致流产，而是作用于妊娠中、晚期使胎儿死亡，抗磷脂抗体可能是中晚期流产的因素。
（三)抗精子抗体：在反复自然流产（recurent spontaneous abortion，RSA)夫妇中，研究发现双方或男方血清中的抗精子抗体。动物实验证明抗精子抗体有杀死胚胎的作用。提示该抗体的存在与RSA有关。国内亦有报道女方抗精子抗体阳性多见，说明女方对精子的同种异体免疫及丈夫的自身免疫均与RSA有关。
抗精子抗体引起的流产，多发生在3个月以内的早期流产，即母体内精子凝集抗体持续作用于早期胚胎组织致病变，使胚胎受损而流产。
