方向一、心血管病: 为医学院重点扶植学科。是国内较早开展心脏介入治疗的学科之一，目前已涵盖几乎所有心脏介入技术，其中冠心病介入例数和急性心肌梗死急诊PCI例数连续数年列浙江省第一。室性心律失常和心房颤动射频消融处于省内先进水平，ICD、 CRTD等生理起搏和多功能起搏技术处于国内领先水平。近年来承担了多项国家自然科学基金、浙江省自然科学基金和温州市重点科研基金项目，其中高血压致病基因研究、先天性心脏病致病基因研究和内皮祖细胞研究处于国内先进和领先水平。
方向二、血液病：是医院重点学科， 2005年成立中美合作血液肿瘤与移植免疫研究所，为卫生部非血缘造血干细胞采集及移植定点单位、药物临床实验基地、专科医师培训基地。血液肿瘤生物治疗、苯对造血干细胞影响是主要的研究方向。多项研究达到国内先进水平。
方向三、呼吸系统疾病：为浙江省医学重点学科，在肺动脉高压的发病机制及其防治研究领域居国内领先地位，在国内外首次成功地建立了更符合临床慢性阻塞性肺病(COPD)病生改变的慢性低氧高二氧化碳肺动脉高压动物模型，并取得了一系列科研成果医学全在线搜集整,理www.med126.com，多次获省部级科技进步奖。在肺血栓栓塞症、睡眠呼吸暂停低通气综合征、免疫抑制宿主感染、呼吸介入、支气管哮喘等临床和基础等方面研究居国内或省内先进水平。近年承担多项国家自然科学基金5项，省部级等科研项目30余项，学科人才队伍建设成绩显著，5人入选浙江省新世纪学术和技术带头人培养人选（省151人才工程)，7人入选温州市新世纪学术和技术带头人培养人选（市551人才工程)。培养研究生近百人。
方向四、消化系统疾病：为浙南消化内科领域规模最大，集医疗、教学和科研为一体的核心基地。技术力量雄厚，担任浙南闽北疑难、危重病人的诊疗和抢救工作，是SFDA认定的消化系疾病药物临床试验机构之一。
方向五、内分泌与代谢系统疾病：是浙南、闽北地区最大的内分泌代谢病专业医、教、研基地。研究方向主要为糖尿病、甲状腺疾病、骨质疏松症等疾病的临床与基础研究。目前在研的有国家自然及省自然基金课题。
方向六、肾病：为医学院重点扶植学科医学全在线搜集整,理www.med126.com，病区床位49张，年门诊量4万余人次，维持性透析患者300例，肾活检5000例。肾脏病理诊断技术、血液净化和腹膜透析等主要技术达到省内先进或国内先进水平。
方向七、风湿病：砷剂（三氧化二砷)治疗自身免疫性疾病（SLE)已处于国内先进水平。本专业立项的课题有浙江省自然科学基金等共5项。获浙江省高校科研成果三等奖1项。
方向八、传染病：为浙南、闽北地区感染内科临床、科研、教学和会诊中心。主要研究方向有原发性肝癌病因与发病机制、病毒性肝病、肝纤维化基础与临床等。有博士生导师1名。近5年来承担国家自然科学基金课题1项，浙江省自然科学基金课题4项，总科研经费150余万元。发表论文SCI收录35篇。
