从上面介绍的临床医学现行的学科分类情况不难看出，这些分类原则带有一定的“随意性”和“人为性”，有些学科建立的原则并不能反映出研究对象间的内在联系，特别是按治疗方法建立的内科学与外科学。而科学的发展都要求有一个尽可能合理的体系。科学的体系不合理，不仅对科学的发展不利，对它的应用（教学、研究机构的设置与管理等)也会带来诸多不便。现在临床医学的体系就面临着一个变动改革的形势，其中首当其冲的就是内科学与外科学。这两个学科是按治疗手段来划分研究对象（疾病)的，这种学科建立的原则有两个明显的缺点。
第一，过于笼统，几乎一切疾病的治疗都离不开药物与手术。因此内外科的内容过于广泛。没有一个人能够全面精通内科或外科领域的所有疾病的诊断和治疗。现在我们虽然还能看到“内科学”与“外科学”的洋洋洒洒的巨著，但翻开来一看，其作者往往是一大批人（有时数以百计)，其中每个人只对书中某些章节有比较权威的发言权，而其他方面就不一定有多少研究。因此一个医院处理疑难病的会诊时，常常不能满足于内外科的名称，一定要弄清这个病涉及哪个系统，需要解决什么难题。如果是一个内科呼吸系统的疾病，而派出一位内科血液病的专家去，就很难解决问题。同样，请泌尿外科的专家去搞断肢再植，或让基本外科的医生去做困难的颅脑手术，都是难以收效的。因此，“内科学家”，“外科学家”的名称，已不能满足实际应用的需要了。在实际工作中为了解决这个问题，许多医疗机构在内、外科又划分了许多亚专业。以协和医院为例，内科就分了传染、免疫、心血管、肾病、呼吸、消化、血液等七个专业组，内分泌则已独立建科，不再归内科。外科也分成基本外科（腹部为主)、骨科、胸外科、泌尿外科、麻醉科等六个专业组，整形外科则早已独立建院。不论是内科、还是外科，专业组都有自己的专家门诊和病床以及本专业发展的计划，有的还有自己独立的实验室。内外科的普通门诊，实际上主要起分诊作用。复杂一些疾病的诊断、治疗问题，主要靠专科门诊解决（在这些方面外科比内科更为明显)。总之，学科发展与建设的重心，已经转移到各专业组。内科与外科只是在青年干部的培训（尚未分专业前)和行政管理等方面，作统一步调的安排，因此很难形成统一的学科建设指导中心。
第二，研究对象划分的不确定性。许多疾病在某一阶段：可以用药物治疗，而另一阶段却必须手术治疗，有时两种方法都可以治疗，或需要同时采用。在这种情况下，一个病人的情况却分别由两个学科的医生从不同的角度去掌握，难免会发生不能全面权衡病情的需要，使病人得不到最及时治疗的情况，有时还可能出现互相推诿的现象。
还有，一个疾病主要应用什么方法治疗是会发生变化的。如风湿性心脏病及慢性肾功能衰竭，本是传统的内科疾病，但近十余年来由于瓣膜移植、肾移植的开展，又成为外科研究的对象了。如果拘泥于传统的内外科分工，这些研究成果的取得就有一定困难。
由于这些原因，本世纪中叶以来，内、外科逐渐出现了一大批亚专业，许多内外科的国际性学术活动，往往以亚专业为主，它们有各自的基础理论研究，自己的国际性的学术组织，自己的学术刊物；不分亚专业的内、外科的活动虽然还有，但它的重要性有逐渐下降的趋势。
除了分化的趋势以外，还出现了重新组合的趋势。这表现在内、外科研究同一系统或解剖部位的亚专业之间的联系日益加强。这主要由于它们所需要的基础知识与研究的对象（疾病)大体相同。例如内科的消化专业与外科的腹部外科的联系，往往比与同属内科的血液专业，呼吸专业更多，关系更密切。为了更好地提高对消化系统疾病的诊断、治疗水平，往往需要这些亚专业打开内、外科的界限通力合作。在国外，这种重新组合的趋势在医学教育中已有反映，并引起了课程设计的改革。不少著名的医学院校临床医学的教学已经改为按解剖生理系统建立课程的趋势。例如肾病这门课，就从肾的解剖、生理、组织讲起，接着就教肾病的病理，与内、外科疾病的诊断与治疗。其他系统也如此。据认为这种既打破基础医学与临床医学，也打破内、外科界限的课程设计，可以减少过去医学教育中过多的重复，提高学习效率与质量。这个信息告诉我们：传统的学科分工并不是神圣不可侵犯的，因为这种分工有时把作为一个整体的人支解开来分别对待，不一定有利于医学的发展，也不利于病人，我们在沿用传统的学科划分时，仍应强调对病人的全面观察与全面负责，自觉地撷取其长，防止其局限性。
