在整个医学的漫长发展史中，病理生理学是一门比较年轻的学科，是科学发展和实践需要的必然产物。十九世纪中叶，人们开始认识到，仅仅用临床观察和尸体解剖的方法，还不足以使人们对疾病的本质有全面的、深刻的认识，于是有人开始在动物身上复制人类疾病的模型，用实验的方法来研究疾病发生的原因和条件以及疾病过程中机能、代谢的动态变化。这就是当时开始兴起的病理学，为以后病理生理学的发展，奠定了基础。二十世纪以来，特别是最近一、二十年以来，随着一般自然科学和医学基础科学的飞跃发展以及各种先进技术的广泛采用，病理生理学也在自己的各个领域中朝着宏观和微观两个方向不断向纵深发展。其结果是一方面阐明了疾病在群体中流行和个体中发生发展的规律，另一方面又揭示了疾病时体内亚细胞和分子水平的变化及其发生机制，这样就使许多疑难问题得到了解决，而病理生理学研究的这些新成就又迅速应用于临床实践，使临床医学也不断得到新的进展。
在教学方面，第一个独立的病理生理学教研室是十九世纪七十年代在俄国的一个医学院成立的。在苏联和第二次世界大战以后的一些东欧国家，病理生理学在医学院校成为一门独立的课程，同时还开设一些实验课。第一次世界大战以前，德国的医学院校也开设病理生理学课程，但是，其内容基本上限于内科学的范围，而且一般是由内科教授对学过内科学的后期学生讲解的。目前，在西方国家，虽然也进行大量的病理生理学研究工作，也有不少病理生理学的大型参考书和专著，但是在医学院校中，并未普遍开设病理生理学这门课程。有关病理生理学的内容，是在各有关的基础和临床课程中讲授的。当然，西方世界各个医学院校对病理生理学教学的安排，也不尽相同。例如，美国的许多医学院校都向医学生开设临床病理生理学，有的医学院把临床病理生理学放在第二学年的第二学期与诊断学同时开课。顾名思义，临床病理生理学不是一门纯基础理论的学科，它的内容主要涉及临床疾病的病理生理学，因而是属于病理生理学各论的范畴。联邦德国的一些医学院校向医学生开设的临床生理学课程，内容也与美国的临床病理生理学的内容相似，而且是在后期与一些临床学科同时开设的。
新中国成立以前，我国没有病理生理学这个学科，一些有关病理生理学的内容，往往在内科学或生理学中进行讲授。少数学者在实验病理学方面做过一定的工作，实际上也就是我国病理生理学的早期研究工作。
新中国成立以来，作为医学科学的一门新兴学科，病理生理学也得到了很大的发展。从1955年起，全国各高等医学院校先后普遍成立了病理生理学教研室，开设了病理生理学这门新的课程。广大病理生理学工作者在教材建设、教学改革等方面，经过反复摸索，终于走上了具有中国特色的病理生理学教学发展的道路。在科学研究方面，我国的病理生理学工作者在医学遗传学、免疫病理学、移植免疫学、肿瘤病因学和发病学、冻伤、烧伤、休克、微循环障碍、高山病、缺氧、发热、炎症、放射病、心血管疾病、血液病、内分泌系统疾病、中西医结合治疗急腹症以及某些传染病、地方病如钩端螺旋体病、克山病、烧热病、低血钾麻痹等很多方面，都取得了可喜的研究成果。
1961年在上海召开了中国生理科学会第一次全国病理生理学学术会议，主要讨论了教学问题，1963年在北京召开了中国生理科学会第二次全国病理生理学学术讨论会，交流了教学和科学研究的经验。80年代以来，相继成立了中国生理科学会病理生理专业委员会和中国病理生理学会。不久以后，又陆续成立了中国病理生理学会的11个专业分会。1980年和1985年分别在广州和成都召开了全国病理生理学第三、四届学术会议；各专业分会也开展了学术活动，学术水平不断得到显著的提高。 1985年，全国性病理生理学专业杂志《病理生理学报》终于问世了，1986年，该杂志改名为《中国病理生理杂志》。从此，我国病理生理学工作者有了自己的学术园地，因而也有助于更加经常的学术交流。近年来，我国病理生理学工作者与英国、美国、加拿大、联邦德国、法国、日本、澳大利亚等国家的有关学者进行了广泛的学术交流和科研协作；许多高等医学院校的病理生理学教研室和一些高级医学研究机构的病理生理研究室也已为国家培养了硕士研究生和博士研究生。这些年轻的新一代病理生理学工作者，已经在教学和科学研究中开始发挥了生力军的作用。总之，我国病理生理学在教学、科研、师资培养等各个方面，生机勃勃，欣欣向荣。我们深信，我国的病理生理学工作者，今后一定能为社会主义祖国的现代化建设，特别是为医学科学的现代化，作出更大的贡献。
