在现代医学的结构与体系中，把临床医学归入应用医学范畴，这是因为临床医学需要在基础医学所取得的知识基础上诊治病人，二者的关系与基础科学（如数、理、化、天、地、生等学科)和应用科学（如各种工程技术)的关系有类似之处。然而还应看到，基础医学与临床医学的关系又有相当重要的不同之处。不仅基础医学的研究目的是为了认识人体的生命活动（主要是健康人的，也包括患病者的生命活动，下同)的奥秘，发现其中的规律，临床医学同样也担负着重要的认识生命活动的任务。
同一般的应用科学相比，可以看到临床医学的活动并不局限于对已知理论的应用上，它的研究对象的未知因素相当多。医学的研究对象是自然界最高级的生物——人，而人的生命活动要受到各种自然因素和社会因素的综合作用，其复杂性大大超过其他自然科学。尽管医学活动几乎和人类的文明史同时开始，近代医学也与近代自然科学一道起步，但由于研究对象的难度大，至今生命科学的未知领域也要比其他自然科学大得多。对于疾病的认识也是一样，现在仍在陆续发现新的未知的疾病；即使对于已知的疾病，许多方面的认识也还有待于深化。然而，病总是要治的，病人要来求医，不管医生是否“认识了”他的病。临床医学当然不能等待基础医学把未知因素全部弄清后再去治病，只能努力减少这些未知因素的影响，设法达到治病救人的目的。这就是说，即使基础理论尚不清楚，也要试探或凭经验去解决实践中存在的问题，这种实践我们不妨称之为“摸索实践”。在这种实践中发展起来的临床医学在其历史上和认识上都早于基础医学，这是它同许多应用科学显著的区别之一。
问题是科学研究的起点。医学中等待人们探索的问题，是由谁发现的呢？基础医学的发展固然有它自身的连续性，但是归根结底，医学中重大的问题往往首先是由临床医学提出来的，因为临床医学在其“摸索实践”的过程中，最能痛切地感受到基础理论的不足之处。
回顾医学史我们可以看到，一切疾病都要靠临床医学（而不是基础医学)来发现，一切疾病在活体上的表现及其变化规律即“临床相”（clinical manifestation)，也是靠临床医学来确认的——即使在基础医学已有相当规模的今天也不例外。如本世纪六十年代对新几内亚的库鲁病（Kurn，新几内亚震颤)的发现，七十年代在美国对军团病（Legio nellosis，嗜肺性军团病杆菌感染)的发现，八十年代对获得性免疫缺陷综合征（acquired immune deficiency syndrome，AIDS)的发现等等，都是如此。在临床上首先发现了这些新的疾患，确定了它们是未知的特殊的病种，再由基础医学去深入研究其本质。而人们对疾病的临床表现（临床相)的认识，也总是先行于对疾病的病因、发病机制等基础医学的认识。事实上，临床工作中已经发现了的许多疾病表现的规律，目前还未得到基础医学的解释，例如红斑狼疮患者女性多于男性；食管癌患者总数男性多于子女性，但是在食道的第一个生理缩狭段发生癌变者中，女性多于男性。伤寒与斑疹伤寒都可出现皮疹，但伤寒患者的皮疹多见于胸腹部，而斑疹伤寒急者则背部及四肢也常有皮疹出现。这些差别的发生机理至今仍不清楚，医学对这类临床上无法用已有的知识解释的现象进行深究，往往能导致理论上新的发现。将来由于科学技术的进步，人类将会接触到许多新的物质，或新的社会生活条件（如电磁波、人工合成物质、人工气候、优越的生活方式，紧张的生活节奏等等)，这些因素可能对人的健康产生什么影响尚难以预料，因此，临床医学发现新疾病的功能应当加强。
由此可见，临床医学的性质既属于应用科学，又不是单纯的应用科学，它在疾病的科学发现中起着重要的作用。这样，从事临床工作的医生就不应把自己的工作视为简单的重复性劳动，而应看到自己所肩负的科学发现的责任，应该使自己在应用已知理论治病救人的同时，不放过一切科学发现的机会，做探索未知世界的先锋。医学全在线www.med126.com
我们认为临床医学在整个现代医学体系中的地位是相当重要的——它在庞大的现代医学体系中居于中心地位。尽管对医学的发展来说，基础医学比临床医学起着更加重要的作用，从医学保护人类健康的功能来说，临床医学只是一支防御性的战术部队，美国爱因斯坦医学院的医学未来学家马克斯曼（J．A，Maxmen)在《后医师时代一一十一世纪的医学》一书中，认为未来临床医师的人数，将会随着预防医学队伍的扩大而急剧减少。上述因素固然需要考虑，然而并不能动摇临床医学的中心地位，其理由如下。
首先，临床医学是孕育、产生现代医学中其他组成部分的母体。预防医学只是在十九世纪后半叶才逐渐从临床医学中分化出来，形成相对独立的组成部分的。而基础医学中除了个别学科，如解剖、生理、药理之外，大部分学科都只有不到一百年的历史。换句话说，在人类几千年的文明史中，除了最近的一个多世纪以外，临床医学几乎就是医学的全部内容；而其他组成部分都是随着临床医学深入发展的需要，以及其他有关科学技术的进步，逐渐地派生出来的。
其次，临床医学往往最先感受到整个医学所面临的问题，从而带动其他学科的发展。例如，＋世纪以前，临床医学的主要难题是各种传染病的治疗，那时传染病构成了人类生命的主要威胁，在有统计数字可查的国家中，它通常占死亡总数的35％左右。这样，基础医学和预防医学便都以传染病的发病原因、机制与防治办法作为自己的主攻方向。到了二十世纪后半叶，由于生活与卫生条件的改善、抗生素的问世与预防接种的普及等原因，传染病逐渐被控制了，它在许多国家中只占全部死亡人数的百分之十以下，有的连百分之一都不到。此时临床医学的主要难题是对肿瘤、心脑血管意外与糖尿病等非传染病的治疗，这些疾病已跃居死因的前列，于是基础医学，预防医学以及医药工业中与这些非传染病的发病机制和防治方法有关的研究，又成为最活跃的领域。
还可以指出，现代医学中其他组成部分的许多成果，也常常需要由临床医学来检验，因为动物实验的结果并不能完全取代人体实验的结果。例如，六十年代基础医学中免疫学的突破，导致人体抗肿瘤免疫监视系统的发现，人们曾经把制服肿瘤的希望寄托在免疫疗法上。然而，临床实践告诉我们，目前人们所掌握的免疫疗法并不能显著地改善肿瘤的预后，而只能作为肿瘤治疗的辅助手段。
正因为临床医学在整个医学中处于中心位置，所以我们能观察到医学的其他组成部分向临床医学渗透的趋势。基础医学派生出的许多学科都有专门为临床服务的分支学科，如临床病理、检验学科等。近年来还出现了将传统药理学的实验方法应用于人体的“临床药理学”（又称“人体药理学”)，它又可分为药物代谢动力学（Pharmacokinetics)与药效动力学（Pharmacodynamics)，前者着重研究人体对药物的作用，即药物在人体内被分解、排出的过程，后者则侧重于研究药物对人体的治疗和毒副作用的评定。现在临床药理学已成为临床研究中用最小的代价发现安全有效的新药的重要保障，也是指导临床安全用药的重要方法，预防医学的基本方法——流行病学的研究方法已经应用于临床医学，成为一门以方法学为主要内容的新学科——“临床流行学”（ClinicaI Epidemiology)，它在提高临床研究的水平与效率方面起了重要的作用，并已开始在我国推广（本章第四节将进一步予以介绍)。至于工程技术对临床医学发展的推动，更是临床医学现代化的一个必要条件，在某种意义上它也决定着临床医学诊断与治疗的水平。如原子能在临床医学中的应用（核医学)，人工脏器（从皮肤、关节到各种内脏)的应用，光导纤维，激光技术，电子计算机与各种成象技术的结合等等，都已被人们所熟知了。
