方剂学科硕士点是在中医基础学科硕士点方药研究方向的基础上发展而来的，自1989年即开始重点研究复方药理。师资梯队合理，现有教授2名，副教授3名，副研究员1名，其中博士1名，硕士1名，有多年指导研究生的丰富经验，已培养研究生多人。
主要研究方向：①方剂的文献与组方理论研究；②方剂的配伍规律研究；③方剂的临床应用及疗效客观化研究；④方剂的方效机制及新药研究。
本学科承担有省部级、省教育厅、合肥市科委重点课题多项，获教学成果与科研成果奖4项，目前科研经费有50多万元。所使用的实验室为临床一系方药实验室，该实验室创建于1987年为省教育厅重点资助基础实验室。
科研特色与成果： 本学科在复方药理研究上已取得丰硕成果，在国家一级杂志上发表高水平的复方药理研究论文多篇，特别是在胃粘膜保护剂的研究上处于全国领先地位，其学术专著《胃粘膜保护剂的研究与应用》有较大影响，即将出版的《胃病与胃粘膜保护》一书则对临床用药有较大的指导价值。胃粘膜保护剂的研究获省高等学校科技进步二等奖。
