我国1978年恢复研究生招生制度，我院于1979年开始招收硕士研究生，并于1981年被国务院学位委员会批准(首批)硕士学位授予单位。至今，我院经过十次申请共有十三个学科、专业获得硕士学位授予权，包含30多个三级学科，即我院目前有70%的教研室或科室能够招生、培养硕士研究生。
一、硕士点建设情况
1981年，皮肤病学与性病学、外科学(骨外)
1984年，微生物与免疫学
1986年，内科学(呼吸系病)、肿瘤学
1990年，外科学(外科)、微生物学、免疫学
(将原微生物与免疫学调整为微生物学和免疫学两个专业)
1997年，临床检验诊断学、病原生物学
(将原微生物学专业调整为病原生物学，包含微生物学和寄生虫学)
(原外科学(普外)和外科学(骨外)合并为外科学)
2003年，内科学、儿科学、人体解剖与组织胚胎学
(原内科学(呼吸系病)调整为内科学)
2003年被国务院学位委员会批准为临床医学硕士专业学位试点单位。
2005年，护理学、急诊医学、影像医学与核医学
二、研究生招生规模增长情况
1979年~1985年，恢复阶段
1986年~1990年，迅速发展阶段
1991年~1998年，稳定发展阶段
1999年~2004年，高速发展阶段
近几年我院招生规模迅速扩大。如1999年招收14名、2000年21名、2001年30名、2002年40名、2003年59名、2004年82名，2005年101名，2006年118名、2007年130名。目前在校研究生有242名，今年下半年在校人数将超过300人。
三、研究生管理与思想政治工作
按照教育部和教育厅等上级有关部门规定，研究生教育必须做到“机构、制度、人员”三落实，实现管理机构健全、管理体制合理、管理制度完善、管理人员充实、管理手段科学、管理办法有效。
结合我院实际情况，目前实行院、系、学科点三级管理。研究生教育是我院最高层次的学历教育，体现我院办学层次、教学水平，对我院教学、医疗、研究等均具有较大的推动作用，目前院领导十分重视研究生教育，今年六月份批准成立研究生部，直属学院领导。我院研究生教育，经过26年的学习、探索、积累，在研究生招生、培养、教学、学生管理与思想政治教育、学位与学科建设等工作中，建立并逐步完善了各项管理规章制度，如：《蚌埠医学院研究生招生工作试行条例》、《蚌埠医学院研究生培养工作暂行规定》、《蚌埠医学院研究生学籍管理规定》、《蚌埠医学院研究生思想政治工作若干规定》、《蚌埠医学院硕士学位授予工作细则》、《蚌埠医学院硕士研究生指导教师暂行规定》和《研究生经费管理试行条例》，等等。
