南京中医药大学药学院前身为南京中医学院中药系，始建于1960 年，是全国中医院校中最早成立的高等中药学教学单位之一。随着专业门类的增加和教育事业的发展，1995年更名为南京中医药大学中药学院，2000年更名为药学院。
药学院经过40多年的建设和发展，在师资队伍、办学条件、教学及科研等各方面均取得了较大的发展。现设有基础化学、药物分析、药物化学、药理学、药用植物学、中药鉴定学、中药炮制学、中药药剂学、制药工程学、生物制药学、临床药学、药事管理学十二个教研室、以及教学实验中心、院办公室和学生工作办公室。同时拥有江苏省高校基础课实验教学示范中心。还设有药物研究所、药用菌及中药生物技术研究中心、新药研究开发中心及中药标本室。
药学院现有在编教职工99名，兼职教师38名，合计137名。其中教师数为115名，具有正高职称的人员23名，占20.00%；副高职称的人员26名，占22.61%；讲师46名，占40.00%。博士学位24人，20.87%；硕士学位73人，占63.48%。学科有博士生导师14名，硕士导师28名。教师中享受国家政府津贴专家4人，国家级有突出贡献的中青年专家和全国“百千万人才”工程第一层次1名，教育部优秀教师1名，全国师德先进个人1名，江苏省有突出贡献的中青年专家3名，南京市有突出贡献的中青年专家1名，江苏省青年科技奖2名，江苏省优秀科技工作者3名，江苏省“五一”劳动奖章获得者1名，江苏省、国家新药审评专家10人，国家药典委员会委员1名。江苏省“333”人才工程9名，江苏省“青蓝工程”培养对象10名。2002、2005年两次被评为“江苏省优秀学科梯队”。此外，聘请外籍名誉教授2名、国内客座教授4名。
学院在先进的教育思想观念指导下，处理好规模与教学质量的关系，紧贴行业发展需求，适度扩大招生规模，学院现有本科学生2200多名，五个本科专业（中药学、药学、制药工程、药物制剂、中药资源与开发)和六个本科专业方向（中药药理学、中药资源与鉴定、临床药学、生物制药、中药制药、食品与药品监测)。到目前为止已培养4000多名高等中药人才。学院自1981年始招收国内外研究生和进修生。现设有中药学博士学位授权点，中药学博士后流动站，中药学、药剂学、生药学、中药药理学4个硕士学位授权点。至今已有7名博士后出站，授予40名博士学位，169名硕士学位，目前高层次人才培养在数量和质量均有较大的提高，在校博士后11名，博士生41名，硕士生177名。此外，还开办了多期国际中成药班、硕士学位课程进修班及全国中药鉴定、中药炮制、中药分析师资进修班和培训班，执业中药师继续教育培训班、全国中药房主任继续教育学习班，接受了数百名来自国内外的专业进修人员。医学全在.线网站www.med126.com
学科建设成绩喜人，1994年被江苏省政府确立为“江苏省中药学与生药学重点学科”（与中国药科大学生药学科联建)，2000年在江苏省重点学科终期检查中获得优秀（A级)等级。2001年被国家中医药管理局确认为“中药制药学重点学科建设单位”，在中期检查中获优秀。2002年中药学科被国家教育部确认为国家重点学科。2004年经高等学校与科研院所学位与研究生教育评估所评估，我校中药学综合排名位居全国中药学一级学科第三，高校第二，成为国内外具有影响的重点学科。其主要课程，中药炮制学、中药鉴定学被评为江苏省一类优秀课程，中药药剂学、中药化学被评为江苏省二类优秀课程。
此外，学院也十分重视科研工作，加大科研实验室建设和基础投入，拥有一批先进的仪器设备，如红外分光光度计、紫外分光光度计、高效液相色谱仪、原子吸收光谱仪、薄层扫描仪、气相色谱仪、全自动生化分析仪、多导生理记录仪、心脑血管功能测定仪、荧光显微镜、超临界CO2提取仪等。这些先进仪器为药学院的教学和科研提供了良好的基础条件和先进的研究手段，为把药学院各学科的研究推向国际药学研究的前沿奠定了良好基础。医学全在线www.med126.com
近三年来教师主持承担的部省级以上科研课题100项。其中国家级32项；部省级12项；厅局级32项；横向课题24项。总科研经费4000多万元。获省部级以上科研成果奖28项。专利申请18项，其中已授权的发明专利8项。银香颗粒获新药证书和药品批准文号；获药物临床批件17项，功能性保健食品证书2项。在《Planta medica》、《Phytochemistry》、《Tetrahedron》、《Journal Natural Products》、《药学学报》、《中草药》、《中国中药杂志》等国内外核心期刊上发表学术论文480余篇，其中11篇被SCI收录。编著出版教材、专著62部(本)。
为了使教学、科研能与国际接轨，实现学校提出的建成“国际著名，国内一流”学校的目标，同时也为提高人才培养质量。学院还与日本国立富山医科药科大学、熊本大学、大阪大学，英国伦敦大学，加拿大多伦多大学、美国生物代谢实验室、北京大学、清华大学、浙江大学、南京大学等国内外大学和科研机构建立了长期稳定的协作关系和教学科研基地。与全国中药制药企业、研究院所、药检所、医院等72家单位建立了稳定的教学实习基地。教学、科研和科技成果转化总体实力位居全国同类院校前列。近三年来，学生的科研、实践能力也得到了充分锻炼和提高，在学校举行的“大学生科技创新大赛”中，药学院连续三年夺得校“科创杯”，2005年“中药ST纳米球的研制”作品代表江苏省进入全国大学生“挑战杯”比赛，实现了我校历史上该项目“零”的突破。近三年来共发展学生党员98名，应届毕业生考研录取率达到20%以上，就业率99%以上。
展望未来，药学院将保持适度招生规模，紧贴行业需求，适时调整部分专业方向，加强内涵建设，提高管理水平，将学院建设成药学类学科、专业齐全，师资力量雄厚，教学科研成果均居国内同类院系前列的一流教学研究型学院。
