北京大学药学院是全国重点药学院（系)之一，也是国家最早建立的高等药学院校之一，其前身是北京大学中药研究所，始建于1941年。在此基础上，1943年建立北京大学医学院药学系；1952年医学院独立建院，随之改名为北京医学院药学系；1985年随学校更名为北京医科大学药学院；2000年4月更名为北京大学药学院。曾设本草、制药、药学、药检、药物化学、生药学、应用化学（医药)、药理学等专业，现设药学（六年制)、应用药学（四年制)二个专业。药学专业于2007、2008年被批准为国家级、北京市级高等学校特色专业建设点，于2008年被批准为“国家理科基础科学研究和教学人才培养基地”（简称理科基地)药学专业点。北京大学药学院是一个以培养研究型人才为目标的药学院。
药学院走过了半个多世纪的历程，在学科建设、师资培养、教学、科研等方面都得到巨大的发展。曾培养出一大批科学家www.med126.com，是国内外药学科学家培养的摇篮。至今药学院已有四名教授遴选院士，其中王序教授、王夔教授、张礼和教授为中国科学院院士，楼之岑教授为中国工程院院士。
1945年刘思职教授任系主任，1946年薛愚教授任系主任，1958年王序教授任系主任，1983年王夔教授任系主任，1985年学校更名后王夔教授任院长；1988年张礼和教授任院长。1999年彭师奇教授任院长；2004年刘俊义教授任常务副院长；2005年刘俊义教授任院长。
药学院由六系（化学生物学系，药物化学系，天然药物学系，药剂学系，分子与细胞药理学系，药事管理与临床药学系)、一室（天然药物及仿生药物国家重点实验室)、一所（应用药物研究所)、一中心（药学实验教学中心)组成。下设四个委员会：教学委员会、学术委员会、药物研究与开发委员会、对外合作交流委员会。
学院拥有一个首批进入“211工程”的现代药学与新药研究学科群，三个国家重点学科即药物化学、生药学及药理学科。药学学科于2007年被认定为国家一级重点学科，是药学博士后流动站和“大药学”博士点，学院各二级学科均可招收博士生。学院现有7个硕士点、博士点即药物化学、生药学、药理学、药剂学、药物分析学、化学生物学、临床药学。学院在校各类学生1561人www.med126.com，其中博士研究生163人、统招硕士研究生152人、在职申请学位研究生40人，六年制本硕连读学生593人，四年制本科学生37人，成人教育专升本、专科学生576人。
学院注重师资队伍的建设工作，逐渐形成了一支以学识渊博、治学严谨的专家学者为核心的师资队伍，其中包括中国科学院院士2名，973首席科学家3名，“长江学者奖励计划”特聘教授2名，杰出青年基金获得者4名，教育部跨世纪（新世纪)人才10名，教育部创新团队3 个，全国优秀教师1名，北京市教学名师2名，北京市优秀教师8名。学院现有在职职工180名，其中教授（研究员)38名、副教授（副研究员)41名，博士生导师31名、硕士生导师51名，具有博士学位的教师88名，占专任教师总数的68%，具有硕士学位的教师32名，占专任教师总数的25%。
学院以创建一流大学为目标，进一步转变教育教学思想，更新“教与学”的观念，狠抓教育质量。学院为适应高等教育教学改革的发展和社会对高层次药学人才的需求，2001年经教育部批准，北京大学药学院在国内率先以大药学一级学科招收六年制学—硕连读学生，探索研究型药学人才培养的全新模式，学院提出并实践了药学专业六年一贯制、学—硕融通的研究型创新人才的培养模式，在课程体系、教学内容、教学组织形式、实践环节、学生思想建设等方面都进行了改革与创新，突破了旧有的模式，在教育教学上取得了显著成绩。近年来获国家级教学成果二等奖1项、北京市教学成果一等奖2项、北京市教学成果二等奖1项、教育部“全国普通高等学校优秀教材”二等奖1项、全国高等学校医药优秀教材二等奖1项www.med126.com，有6部教材被评为北京市高等教育精品教材，有1门课程被评为国家级精品课程；药学实验教学中心被评为北京市高等学校实验教学示范中心；承担教育部新世纪高等教育教学改革工程项目1项、教育部世行贷款21世纪初高等教育教学改革项目医药类项目1项、国家“十五”重点立项课题子项目5项、中国高等教育学会‘十一五’教育科学研究规划课题5项、中国高等教育学会医学教育专业委员会药学教育研究会立项课题6项、北京市创新性实验计划1项、教育部创新性实验计划4项，并于2008年获准国家基础科学人才培养基金能力提高项目的资助。
