对于免疫遗传学的研究同样也取得很大的进展，表现在几个方面：①遗传对机体易感性和免疫应答的控制；②主要组织相容性复合体（MHC)及其基因产物的研究；③Ig遗传标志及Ig基因结构的研究，④补体分子的遗传控制和补体基因的研究，⑤人类血型的免疫遗传。
免疫应答基因控制的发现是现代免疫学中的一项重大进展。现已阐明，机体对特定抗原是否发生反应是MHC的功能表现。MHC的功能可表达于基因水平及基因产物水平。共分为三区，即Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ区；分别有其基因产物，即Ⅰ类、Ⅱ类和Ⅲ类分子。T细胞识别抗原过程较B 细胞的识别更为复杂。B细胞一般通过其细胞表面免疫球蛋白受体（SIg)识别抗原，TH细胞则必须在抗原和MHC Ⅱ类分子相互作用下才可被活化。因而免疫应答的遗传控制实际上取决于T细胞抗原受体的性质。T细胞抗原受体已被证实为具有α/β链的异二聚体（heterodimer)，并有γ/δ链参与作用。其他T细胞表面分化抗原（CD3、CD4、CD8)分子也与之有关。这些参与作用的分子均由相应的基因所编码，其基因结构装配方式和Ig相同，也有V、D、J、C基因，进行基因重排、转录、剪接等步骤，完成整个编码过程。但是T细胞受体分子和血清抗体Ig并不完全相同，T细胞和B细胞的抗原识别分子虽近似，但并不相同，可能它们发源于同一种系基因。
就分子免疫学研究的年代而言，Ig的分子结构和抗体多样性的遗传机理研究早于T细胞受体的发现。Ig多肽键分别由V、C、D基因编码的事实，显然与遗传学中的“一个基因，一个多肽链”传统概念是不相符合的。了解Ig形成时编码基因组的装配过程，就不难理解抗体的多样性, 体内如何形成能与百万以上抗原发生反应的数百万T细胞和B细胞克隆的原因，可能尚和基因物质的选择和重组以及体细胞的突变均有关系。
重组DNA技术的发展在阐明Ig的遗传上有重大的贡献。如将小鼠Igk链的cDNA人克隆λ质粒，随后又将鼠Ig的λ链克隆成功，并获得蛋白质表达，与鼠骨髓瘤血清中λ链氨基酸序列分析相同。应用这些克隆为探针与鼠精子细胞或B细胞的DNA，经Southern印迹转移后，进行分子杂交，不仅可确定编码Ig不同片段基因的定位，亦可了解Ig基因的组成、变化和功能，从而发展了Ig免疫遗传学。此外，也有可能发展具有新功能的重组抗体。已有报道在体外组建Ig基因DNA、使其合成的嵌合蛋白，即一端具有与抗原结合的特异性，另一端则具有化学毒性物质。将这些组建的Ig基因转染骨髓瘤细胞，使其产生重组的Ig，具有新的功能，因此Ig遗传学的研究将沟通基因工程和细胞工程，具有广阔的前景。
免疫遗传学的研究尚涉及免疫性疾病发生原因的问题，通过对遗传基因本质的了解，采取适当的基因疗法，很有可能根治这类疾病。
