（参见第298节药物排泄)
肝脏在大多数药物的代谢中起着重要作用。这些药物常在肝脏内经过生物转化作用而获得药理活性和/或排出体外。药物在肝内的分解与代谢一般分两个阶段：Ⅰ相反应，通过氧化，还原或水解作用将药物转化成相应产物；Ⅱ相反应，将药物或Ⅰ相代谢产物与内源性物质(如葡糖苷酸，硫酸)结合产生一个极性易排出性产物。Ⅰ相反应首先发生的氧化反应由肝内单氧化酶(混合功能氧化酶)催化进行。这组酶是以血红蛋白细胞色素P-450为核心酶的复杂微粒体系统。该酶系统受遗传因素控制，对多种诱导(刺激)或抑制因素(如药物，杀虫剂，除草剂，吸烟及咖啡等)亦非常敏感，因此在健康人中，药物的肝内代谢差异很大。
很多药物可通过诱导P-450加速自身的分解。因为这种作用通常是非特异的，其他药物的转化也可因此而加速。这种诱导常可引起一些潜在重要的后果，例如：同时口服抗凝剂和苯巴比妥的患者，如果突然停用后者则会导致出血，因为苯巴比妥是一种较强的细胞色素P-450诱导剂。同样，乙醇也具有诱导作用，因而酗酒者对镇静剂及其他一些药物具有耐受性。相反，有些药物(如甲氰咪胍，酮康唑)可抑制P-450酶活性，因而可延缓其他药物的代谢。
药物生物利用度也受肝脏从循环系统中清除药物能力的调节，这依赖于肝血流和肝细胞对药物的清除效率(或称廓清率)。如后者很高，则药物(如心得安，利多卡因)的廓清就主要依赖于肝脏的血流量；如果肝细胞对一些药物(如茶碱，华法林，地西泮)的廓清速度较慢，肝血流量的影响也就较小。大多数药物是以中等速度被清除的，受肝血流量和肝廓清力改变的影响。
